Первое упоминание о Ферраре относится к 753 году. Тогда город принадлежал церкви. В конце Χ в. церковные власти уступили Феррару тосканским аристократам. Уже в конце XI в. город обладал значительными вольностями и достиг заметного процветания. В средние века город, по своим размерам и значению равный Милану, Флоренции и Венеции, привлекал многочисленных беженцев из постоянно враждующих городов Северной Италии.
В 1264 году власть в Ферраре была захвачена домом д’Эсте — семьёй, ещё раньше утвердившейся в Веронской области. Богатство и роскошь двора сделали Эсте одной из самых известных и уважаемых аристократических фамилий Европы.
Период культурного расцвета Феррары можно отсчитывать от 1391 года, основания университета Феррары, который связан с именами Парацельса, Коперника и Савонаролы. Герцоги д’Эсте увлекались основанием школ, библиотек, музеев, привлекали писателей и артистов, строили памятники. Не только мужчины, но и женщины семьи д’Эсте покровительствовали наукам и искусствам. Такими были Элеонора Арагонская, известная Лукреция Борджиа, Рената Французская. Усилиями этих и им подобных аристократов Ферарра сделалась очагом итальянского Ренессанса.
С 1995 года город занесен ЮНЕСКО в список культурного наследия человечества.