Город Мутина, предшествовавший Модене, был основан ранее, чем в 200 году до н. э. Во 8 веке после многочисленных опустошительных войн жители покинули город и основали неподалеку новое поселение. В 9 веке город был возобновлен, и находился под управлением духовенства, а с 10 века — под властью Тосканы. В 1175 году был основан, одним из первых в Европе, университет, вступивший в соперничество с университетом Болоньи. В конце 13 века власть над Моденой захватила семья Эсте. Представители семьи Эсте которой правили городом до объединения Италии.